El museo se crea a partir de las colecciones que fueron formando los Blom. Actualmente cuenta con cinco salas de exposición permanente y dos salas de exhibiciones temporales.

--Sala Lacandona--
Esta colección etnográfica es el resultado de los viajes de nuestros fundadores y de los regalos que les hicieron sus entrañables amigos lacandones. Permite un acercamiento a la religión lacandona a través de su cultura material así como elementos de la vida cotidiana.

--Sala de Exploradores--
Los viajes a la selva durante la primera mitad del siglo XX eran arduos, ya que las travesías se extendían por meses. En esta sala, el visitante se dará una idea de cómo se llevaban a cabo las expediciones mediante fotografías y el video "Hombres, mulas y machetes".

--Sala Moxviquil--
Esta sala lleva el nombre de un sitio arqueológico localizado en la cima de una montaña a dos kilómetros de la ciudad. Es considerado como uno de los centros ceremoniales más importantes del valle. Frans Blom realizó excavaciones en el año de 1952, y el Dr. Weigant lo hizo en 1953; hasta la fecha no se ha llevado a cabo ningún otro trabajo en dicho sitio. Se muestran ejemplos en cerámica, lítica así como algunos esqueletos que muestran las costumbres funerarias de los antiguos habitantes del valle.

Asimismo, se encuentran algunos ejemplos de diversas expediciones e investigaciones realizadas por Frans Blom, tanto en la Selva Lacandona como en Oaxaca y en otras partes de México. Además de explorador y arqueólogo, Frans era cartógrafo, y realizó el primer mapa de la Selva Lacandona, el cual ha servido de ejemplo para la realización de mapas actuales.

--Capilla--
Físicamente, es uno de los ejemplos más claros del estilo neoclásico adoptado por esta ciudad a fines del siglo XIX. Dicho estilo puede observar en los distintos elementos que la conforman, como las columnas, las pinturas originales del techo y el altar. Aunque nunca fue consagrada o utilizada como capilla, es un buen lugar para observar ejemplos de pintura y escultura religiosa chiapaneca que comprende los siglos XVI, XVII, XVIII y XIX.

--Habitación de Gertrude Duby Blom--
Después de su muerte, el 23 de diciembre de 1993, su habitación se integró como un espacio del Museo en el cual se pueden observar algunos de sus trajes característicos, así como su joyería y objetos personales.

En los pasillos de la Casa se pueden apreciar ejemplos de diversas colecciones, como las cruces de hierro forjado, pinturas de Gertrude Duby, y objetos de arte donados por distintos artistas, al igual que algunas fotografías de nuestra fundadora.